A Comissão Executiva é o órgão de gestão e representação da AUIP, e está formada por um presidente, o presidente anterior, um vice-presidente primeiro, até quatro vice-presidentes e um máximo de quatorze membros. Estes são designados e revocados pela Assembleia Geral entre os sócios de número ou seus representantes. A composição da atual Comissão Executiva é a seguinte:

MIGUEL ÁNGEL CASTRO ARROYO
Reitor da Universidade de Sevilha, Espanha
Desde 2009 é catedrático de Química Inorgânica da Universidade de Sevilha. Trabalhou em várias universidades internacionais, entre elas a University College de Oxford e a de Cambridge. Foi pesquisador de vários grupos e de numerosos projetos regionais, nacionais e internacionais e desempenhou tarefas de gestão desde 2005, quando lançou o Serviço Geral de Pesquisa de Raios X da Universidade Hispalense, sendo posteriormente diretor do Centro de Pesquisa, Tecnologia e Inovação da Hispalense, diretor da Secretaria dos Serviços Gerais, dos Centros e dos Institutos de Pesquisa e pró-reitor de Ordenação Acadêmica. Tomou posse em 2 de fevereiro de 2016 como Reitor da Universidade de Sevilha e foi eleito presidente da AUIP em 22 de março de 2019.
PRESIDENTE ANTERIOR Eduardo González Mazo VICE-PRESIDENTE PRIMEIRO Alberto E. Barbieri VICE-PRESIDENTES José Eusebio Consuegra Bolívar Hugo Juri José Ángel Narváez Bueno José Vicente Saz Pérez CONSELHEIROS Gilda Alcívar García Pilar Aranda Ramírez |
Francisco Javier Avelar González Kitty Gaona Franco Juan Eulogio Guerra Liera María Vicenta Mestre Escrivà Sergio Milton Padilla Cortez Miriam Nicado García María Antonia Peña Guerrero Ricardo Rivero Ortega Lily Rodríguez González Carmelo Rodríguez Torreblanca Sandro Roberto Valentini Edgar Varela Barrios |
Nas reuniões da Comissão Executiva participam também, como convidados, os presidentes honorários podendo intervir nas deliberações com voz, mas sem voto. Os presidentes honorários são designados pela Assembleia Geral entre aquelas pessoas que, tendo ocupado a presidência, se destacam por importantes serviços prestados à associação. Atualmente, os presidentes honorários são:
PRESIDENTES HONORÁRIOS
(por ordem alfabética do primeiro sobrenome)
David Aguilar Peña
Ex-reitor da Universidade de Granada, Espanha.
Ignacio Berdugo Gómez de La Torre
Ex-reitor da Universidade de Salamanca, Espanha.
Francisco González Lodeiro
Ex-reitor da Universidade de Granada, Espanha.